闽台植物区位于植物园南门入口区，沿东宅坑水库环绕而建，始建于2021年，面积约3.0公顷，种植台湾赤楠、兰屿肉桂、枫香、福建山樱花、福建紫薇、闽楠等约500种（含品种）的台湾和福建特色植物，设置彩叶植物、果树、福建特色植物、台湾特色植物四个片区，表现亚热带常绿阔叶林、针阔混交林的植被类型。园区设有景观亭、廊、台等小品，沿主园路、水岸边为精致的花境。园区内花团锦簇、瓜果飘香、树荫蔽日，西侧有直达万石路的自动扶梯、梯道和登山步道，运眺厦金海峡，近观满目翠绿。
闽台植物区为中国首个以台湾和福建特色植物为主题的专类园区，将成为海峡两岸进行植物科学研究、科普教育和文化交流的研学基地。